Für die Qualitätsstufe II angemeldete Biodiversitätsflächen (BFF) werden vom Kanton im Feld überprüft. In manchen Kantonen gehen die Kosten dieser Begutachtung zu Lasten des Bewirtschafters.

Für die Anmeldung einer Fläche wird deshalb folgendes Vorgehen empfohlen:

1. Die kantonalen Richtlinien zur Qualitätsstufe II beschaffen. Diese entsprechen in den meisten Fällen den Mindestanforderungen des Bundes.
2. Mit Hilfe dieser kantonalen Richtlinien selber eine Vorprüfung der Qualität seiner BFF vornehmen, um abzuschätzen, ob sich für einige der Flächen eine Prüfung durch den Kanton lohnt.
3. Sofern die Qualität einer oder mehrerer Flächen als genügend eingeschätzt wird, muss man sich an die zuständige kantonale Fachstelle wenden.
4. Die Überprüfung wird durch Experten im Auftrag der kantonalen Fachstelle und wenn möglich in Gegenwart des Bewirtschafters durchgeführt. Wenn sich der Bewirtschafter für eine weitere Vertragsperiode anmelden will, führt die zuständige Stelle eine weitere Kontrolle während des letzten Vertragsjahres (achtes Jahr) durch.